L'administration religieuse de la "cité" gallo-romaine de Bourges fût confié à un évêque, plus tard Archevêque. Sous l'ancien régime, ces prélats sont issus de grandes familles nobles (voir la liste des archevêques de Bourges). Le diocèse de Bourges, faisait partie de l'Aquitaine Première, s'étendant sur tout le Massif Central. Appelé Patriarche, l'Archevêque pût se prévaloir du titre de Primat d'Aquitaine, jusqu'à ce que Clément V (l'ancien archevêque de Bordeaux, Bertrand de Got) donne en 1305 la Primatie d'Aquitaine à son ancien siège et celle des Aquitaines à Bourges. 

Au Moyen Age, le diocèse de Bourges était le plus grand de France avec sept à huit cent paroisses (733 en 1327, 772 en 1603, 802 en 1776 et 791 à la veille de la Révolution). Ces paroisses sont réparties  entre 9 archidiaconés et 20 archiprêtrés. Les limites du diocèse débordaient dans les départements actuels du Loir-et-Cher, du Loiret et surtout de l'Allier.

Après la Révolution, le diocèse fut reconstitué (Concordat) et devint le chef-lieu de la Province ecclésiastique de Bourges. Aujourd'hui, il appartient à la Région apostolique du Centre et se divise en deux archidiaconés : le Cher et l'Indre.

Les doyennés et les paroisses ont été complètement réorganisés en 1994, à la suite du synode diocésain de 1990.